El 21 de diciembre de 1990 según Resolución Ministerial Nº 024-090 AR-GRA-SAS, de fecha 21 de Diciembre de 1990 se crea el Instituto Superior Tecnológico “JOAQUÍN REÁTEGUI MEDINA” con las carreras de Agropecuaria y Enfermería Técnica.
El 01 de Marzo del año de 1991 inicia su funcionamiento con 90 alumnos en las dos carreras, como no contaba con local propio, empezó a funcionar en el local del colegio “NUESTRA SEÑORA DE LORETO”, ubicado el KM. 1.600 de la Carretera Nauta-Iquitos. El 07 de Diciembre de 1994 es reconocida oficialmente como Instituto Superior Tecnológico “JOAQUIN REATEGUI MEDINA” con R.M. Nº 0568-94-ED. El 09 de Abril del 2001 bajo Resolución Directoral N° 0373-2001-ED, se autoriza el funcionamiento de la Carrera Profesional Técnico en Guía Oficial de Turismo, ofertando 40 vacantes. Con Resolución Directoral N° 077-2005-ED, se revalida la autorización y funcionamiento Institucional del Instituto Superior Tecnológico Público Joaquín Reátegui Medina y las carreras profesionales de Agropecuaria, Enfermería Técnica y Guía Oficial de Turismo. Con Resolución Directoral N° 008-2008-ED, el 17 de Abril del año 2008, se autoriza ofertar las Carreras de Computación e Informática, Secretariado Ejecutivo y Contabilidad en el turno diurno ofertando 40 vacantes por carrera profesional. Mediante oficio N° 124-2015-MINEDU/VMGP-DIGESUTPA de fecha 01 de Abril del 2005 se autoriza el funcionamiento de la Carrera Técnico Profesional de Enfermería Técnico Intercultural Bilingüe Amazónica con una meta de atención de 40 vacantes conllevando a otorgar título a nombre de la Nación a los egresados de la presente carrera profesional. Con Resolución Directoral N° 001324-2016-GRL-DREL-D, se autoriza el uso del nuevo local al Instituto de Educación Superior Tecnológico Público Joaquín Reátegui Medina en la comunidad de San Martin de Tipishca del Distrito de Parinari Provincia de Nauta, en la infraestructura disponible del CENTRO EDUCATIVO IPS N° 60588 en la que funcionara una aula pedagógica con la meta de atención de 40 estudiantes para la Carrera Técnico profesional de Enfermería Técnico Intercultural Bilingüe Amazónica.
En la actualidad el instituto viene siendo conducido por el Lic. Educ. Adan Marticorena Quintanilla, quien es Director Titular luego de haber ganado el concurso para Directores en Educación Superior.